Новая технология позволяет быстро секвенировать полные геномы патогенов растений

«Россия» и «В мире»

Технология секвенирования нового поколения упростила, как никогда, быструю диагностику болезней растений.

«Очень интересно наблюдать, как развивались технологии секвенирования и как эта новая технология способствует секвенированию целых геномов за такое короткое время», — сказал Ясмин Ривера, патолог растений из программы защиты растений и карантина Министерства сельского хозяйства США, который недавно опубликовал исследовательскую работу об эффективности протоколов Oxford Nanopore Technologies.

«Мы хотели дать объективную оценку технологий и протоколов, доступных для долгого секвенирования», — пояснил Ривера. Наряду с другими патологами растений Ривера использовал протоколы компании для подготовки библиотек РНК и ДНК из зараженного вирусом растительного материала и из патогенной бактерии растения, соответственно. После одного часа секвенирования данных у ученых было достаточно данных, чтобы собрать небольшие геномы.

«Специалисты по диагностике будут приветствовать объективный обзор этой технологии», — сказал Ривера. Ривера и ее коллеги опубликовали свои выводы в журнале «Plant Health Progress», в котором проводится параллельное сравнение протоколов, которое позволит читателю определить, какой комплект для подготовки библиотеки лучше всего подходит для их нужд.

Возможность быстро получить полный геном организма имеет большое значение в области патологии растений. «Наличие большего количества доступной информации облегчает идентификацию возникающих патогенов и патогенов, которые трудно идентифицировать», — объясняет Ривера. Для получения дополнительной информации прочтите «Сравнение протоколов секвенирования нанопор и анализа в реальном времени для диагностики фитопатогенов», опубликованное в мартовском выпуске журнала Plant Health Progress.

ОмскПресс